Lors de la saison 2012-2013, Émerse Faé intègre le centre de formation de l'OGC Nice afin de passer ses diplômes d'entraîneur de football. Après trois saisons aux côtés d'Alain Wathelet, responsable des U17 Nationaux, il en devient l'entraîneur principal en 2015.

Titulaire du diplôme d'État supérieur du sport, mention Football, il est promu coach des U19 Nationaux du Gym lors de la saison 2018-2019. En mars 2020, il obtient le brevet d'entraîneur professionnel de football.

Le 8 juillet 2021, Émerse Faé est nommé entraîneur de l'équipe réserve du Clermont Foot 63, évoluant en National 37.

Le 25 janvier 2024, au lendemain de ses 40 ans, Émerse Faé prend la tête de l'équipe nationale de Côte d'Ivoire par intérim, après la démission de Jean-Louis Gasset à la suite d’une phase de groupe de la CAN peu convaincante. Quelques jours plus tard, l’équipe connaît un succès significatif lors du huitième de finale en éliminant le tenant du titre, le Sénégal, aux tirs au but. En quart de finale, les hommes d'Emerse Faé battent le Mali deux buts à un après prolongation, en marquant le but vainqueur à la dernière minute de la rencontre par Oumar Diakité. Après avoir écarté la République démocratique du Congo en demi-finale, Faé mène son équipe le 11 février 2024 à son troisième titre continental en battant le Nigéria (2-1) sur un but décisif de Sébastien Haller, à nouveau en fin de rencontre . Il est élu par la suite meilleur entraîneur de la compétition

« J’ai entendu dire qu’il y a un pseudo journaliste en France, qui n’a jamais fait de match international de sa vie, qui a dit que le niveau de la CAN était catastrophique parce qu’il n’y avait ni technique ni de tactique. Je pense qu’il ne comprend rien au foot. Quand on regarde la carrière internationale qu’il a eue... Je ne suis pas étonné.

Je l’ai laissé parler, il s’est fait remarquer, il a fait son intéressant. C’était une CAN extraordinaire, avec des rebondissements, des buts, du spectacle.

Il a été très malhonnête de dire que cette CAN n’était pas de qualité. »